Une maladie à l'origine inconnue s'abat sur Fiore, la Maladie des Songes. La seule information serait qu'elle soit provoquée par Zeref, et elle tue les mages dans leurs sommeils. Cependant, quelques mages parmi les plus forts s'en sont pourtant sortis. D'après eux, la maladie nous confronteraient dans un cauchemar face à eux-même. Un combat contre soi, avec deux issues : perdre le combat signifierait mourir dans son sommeil, et le gagner équivaudrait à se réveiller. Un grand nombre de mages meurent dans Fiore, particulièrement les mages faibles et inexpérimentés, tout comme le voulait Zeref : garder l'élite. Mais quand cette maladie s'arrêtera-t-elle ? Le conseil reste silencieux, avertissant seulement qu'il faut faire attention à cette maladie.

Étrangement, dans les montagnes de fer de Jura, un gouffre apparaît. On ne voit pas son fond, et les personnes ayant tentées de passer dedans ont étés rejetées. Tout porte à croire que le gouffre est issu d'une magie...Mais laquelle ? Et pourquoi ? La nuit, des voix parviennent de ce gouffre, des voix qui parlent d'un plan presque terminé, d'un rêve qui s'accomplira...

Le conseil sort de son silence subitement en demandant de l'aide à trois mages : Black Jack, un mercenaire de Southern Wolves, Hisoka, un jeune mage talentueux de Lamia Scale, et Natsu Dragneel, le célèbre mage de feu de Fairy Tail; ces trois mages sont demandés pour aller récupérer un grimoire dans l'enceinte même de Grimoire Heart. Le grimoire aurait-été précédemment volé par Nahoko Kie, une mage fourbe de la guilde sombre. Le combat commence entre l'alliance de ces trois guildes contre Grimoire Heart ! Natsu, Jack et Hisoka infiltrent le bateau volant, sein de la guilde obscure, et se confrontent à Nahoko, Takumi Kenta et Fukosaki Ichigo, trois des plus talentueux mages de la guilde illégale présent sur les lieux. Le combat fait rage, mais les trois mages appelés par le conseil finissent par l'emporter, et rapportent le grimoire à Era, le siège du conseil magique.

Neufs mages se regroupent alors : Black Jack et Azami Chiakino, mages de Southern Wolves; Minato et Hancko Emil, mages Ermites; Natsu Dragneel et Nellaka Masaby; mages de Fairy Tail; Hisoka de Lamia Scale; Coralie Steinherz de Blue Pegasus et même une mage illégale, Hinagiku Amaterasu. Tous ces mages ne sont pas réunis par hasard : ce sont des survivants de la maladie des songes et par conséquent les seuls capables de traverser le gouffre des montagnes de fer de Jura. Ils sautent tous les neufs dans le gouffre, ne pouvant faire face à l'attirance qui les lies.

Trois groupes se forment alors dans le Monde des Rêves, à l'intérieur de ce gouffre : Le premier, Jack, Emil et Natsu, atterri dans un étrange désert et devront passer une épreuve avant de voir le véritable paysage dans lequel ils se trouvent : le Néant. Ils feront tous les trois face à Itaki Emuti, un mage silencieux, et leur force combinée viendra à bout du mage. Jack et Natsu seront transportés dans un château, alors qu'Emil, dont une nouvelle personnalité, Aleksander, est apparue lors du précédent combat, est envoyé au sommet du château...
Le second groupe, Nellaka, Amaterasu et Hisoka, arrive dans une étrange pièce aux parois trompeuses, telle un Rêve, et une jeune femme, Revuly Durim, les accueille avec sa magie de persuasion, les obligeant à se confronter les uns aux autres.
Enfin, le dernier groupe, composé de Minato, Coralie et Azami, se fait prendre par surprise par Karue Mestre dans un endroit vide de couleur nommé la Signification, et seule Azami arrive à échapper aux terrifiantes griffes de la gardienne des lieux.

Au même moment, sur Terre, le conseil déchiffre enfin l'écriture ancienne du grimoire, et obtiennent ainsi la formule pour passer librement dans le gouffre. Quatre mages furent sélectionnés pour rentrer officiellement dans le gouffre et obtenir des informations sur ce qu'il cache. Ces mages sont Yume no Ai et Mikio Kiyomisu, de Fairy Tail, Hirata Kôta de Blue Pegasus et Hisae Kagami, une mage Ermite. Ils sautent à leur tour dans l'obscure Gouffre, et tandis que Ai et Mikio arrivent dans la Signification, Crimson et Kôta rejoignent le Rêve.

Jack et Natsu durent faire face à Armada, un des plus puissant mages de Grimoire Heart, tandis que les émissaires du conseil magique allièrent leurs forces aux autres mages pour vaincre les deux gardiennes des lieux. Finalement, les trois combats tournèrent à l'avantage des mages de la terre, et ils furent tous téléportés à leur tour...

Au sommet du château, Aleksander fit face à Nahoko et à Hadès, le chef de Grimoire Heart. Alors qu'Aleksander tente de régler ses différents vis-à-vis de la jeune magicienne, il comprend qu'elle est en train de se sacrifier, à l'aide de la force de ses clefs stellaires, de sa magie de guérison et de la puissance de trois lacrymas. Il tente de l'en empêcher, en vain. Alors que les autres mages arrivent à leur tour dans la pièce, tous assistent, impuissants, au sacrifice de Nahoko Kie, personne ne comprenant pourquoi, à part Hadès, qui semble ravi. Tandis que Nahoko disparaît dans un flash de lumière, le monde des rêves s'écroule et tous les mages sont transportés sur terre.

Les treize mages plus Hadès arrivèrent dans une plaine déserte, sur terre. Là, Hadès leur expliqua que le Monde des Rêves était une création de Zeref, et que c'était en réalité une dimension parallèle à la terre où était enfermé un monstre surpuissant qui répandrait le chaos sur le monde. Hadès explique que pour libérer ce monstre, il fallait vaincre les trois gardiens des lieux, puis offrir en sacrifice un puissant mage, Nahoko. Cependant, une dernière étape est nécessaire : il faut une enveloppe corporelle au monstre pour qu'il renaisse sur terre, et Hadès dévoile qu'il est prêt à offrir son propre corps en sacrifice pour que le monstre de Zeref apparaisse ! Il livre son corps alors devant les treize mages, et dans un tremblement de terre, la bête monstrueuse de Zeref apparaît. Elle maitrise les treize magies des mages, qui étaient présents lors du rituel, et alors c'est comme si les mages se battaient contre eux même, une seconde fois après leurs rêves meurtriers. Le combat tourne presque au massacre, mais tous y mettent du leur, et ils réussissent à maitriser le monstre à l'arrivée du conseil magique, qui les soigne et les félicite. Grimoire Heart est finie, sans son chef et ses puissants membres, et la maladie des songes ne devint plus qu'une triste histoire...

Si pendant tout ce temps, le grabuge que faisait la maladie des songes occupait la grande partie du conseil magique, il faut savoir qu'un autre problème commençait à se faire entendre parler de lui. En effet, des magiciens illégaux prisonniers un peu partout dans Fiore réussiraient à s'évader sans laisser aucune trace. L'enquête du conseil montre alors qu'ils ont reçus une aide extérieure, et les réponses à leurs questions se mettent en place quand un homme, Seisui Nova, crée une nouvelle guilde, Phoenix Wing, avec à ses ordres les mages en cavale. Nova aurait le pouvoir de se téléporter, voilà pourquoi les prisonniers se libéraient. Ainsi, même si Grimoire Heart est récemment tombé, cette nouvelle guilde causera bien des soucis au conseil.

Malgré ce nouveau soucis, le conseil décide cependant d'organiser une fête dans toute la ville de Crocus, la capitale, réunissant tous les mages du Royaume, pour célébrer la fin de la maladie des songes. Mikio, Hisoka, Crimson et Coralie Steinherz discoururent devant la foule, et de même pour Coloro Haïne, un jeune mage au talent prometteur, qui vient annoncer une nouvelle inédite : si Phantom Lord avait attaqué Fairy Tail sous les ordres de José Porla, l'ancien chef, le conseil a décidé de rouvrir la guilde en élisant le nouveau chef : Coloro, le plus jeune chef de l'histoire de la guilde, qui promet d'enterrer la hache de guerre avec les autres guildes.

Alors que la fête battait son plein, un mage fit irruption en pleine fête : Aleksander, accompagné de Black Jack et de Seisui Nova. Il explique que grâce au pouvoir psychique de Jack, il contrôle le chef de Phoenix Wing, et qu'il devient le nouveau chef de cette guilde qu'il rebaptise Legion. Il décide alors de montrer le pouvoir de cette nouvelle guilde illégale et en combinant sa magie à celle de Seisui Nova, il réussit à faire téléporter toutes les personnes présentes sur place à l'autre coin du Royaume. Pourtant, treize mages n'ont, par chance, pas été pris dans la vague de téléportation. Aleksander avoue qu'il s'attendait à ce qu'il y ait des failles dans son plan, il annonce alors qu'une bombe va exploser pour libérer un gaz soporifique dans tout le centre ville, de façon à réduire au silence les derniers mages légaux. A cette annonce, tous les mages s'échappent, évitant l'explosion, seul un se fait toucher : il s'agit de Makarov en personne, le chef de Fairy Tail, qui, par la vieillesse, tombe comme une mouche dès l'inhalation du gaz.

Les meilleurs mages de Phoenix Wing, qui obéissent désormais à Aleksander, soit à Legion, sortent alors de l'ombre et se concertent autour d'Aleksander, qui leur ordonne de poursuivre les mages. Une chasse débute alors dans la ville déserte, et les combats s'enchainent : Bolvar, un colosse au pouvoir dévastateur, se mit à la trace de Timothy Blackstorm, un mage de Southern Wolves, et d'Elyana Bloodheart, une mage de Phantom Lord, mais les deux mages s'allièrent pour vaincre le titan. Lady Glamor, une femme fatale de Legion, mit à terre Blaen Caruny, un mage Ermite, mais il fut tout de même épargné grâce à l'intervention de Fukyou Ame, mage de Phantom Lord, qui mit à terre la criminelle. Kira Skyblader, une jeune recrue de Legion, tomba nez-à-nez avec Kyle, un mage de Cuatro Cerberus...qui s'avérait être de la même famille. Au delà de leurs différents, Kira convainc alors Kyle de rejoindre la cause de Legion. Saphira Elnaim Karei, une jeune mage de Phantom Lord, du affronter Amaterasu Hinagiku, la mage illégale qui était allée dans le Monde des Rêves, mais le combat fut bref, car si Amaterasu se trouvait sur place, c'était car elle était intéressée par Legion. Klein Starlight, mage de Fairy Tail, tomba nez-à-nez avec Ichigo Fukosaki, ex-mage de Grimoire Heart recruté par Legion, mais leur combat fut interrompu rapidement. Hisae Kagami tomba nez-à-nez avec un mage de Raven Tail, Ishi Loki, et fut mise à terre, mais elle réussit tout de même à repousser son adversaire. Drak Enrick, un mage de Cuatro Cerberus, croisa le chemin de Shin Maboroshi, un mage de Lamia Scale, mais il trahit son allié en dévoilant qu'il était désormais du côté de Legion. Enfin, Coloro Haïne dut combattre le maudit prince Wolken, fidèle atout de Legion, et Mikio Kyomisu s'attaqua à Aleksander, le combat se soldant par une égalité.

Le Conseil Magique, réactif, envoya alors des centaines de gardes royaux dans la ville pour arrêter les agissements des mages noirs, mais alors qu'ils pénétraient dans la capitale, Aleksander fit sonner le clocher du centre ville, pour rassembler tous les mages de sa guilde : virent à l'appel Kyle, Kira, Drak et Ichigo, qui délaissèrent leurs combats pour rejoindre leur chef. Les mages légaux les suivirent alors, mais trop tard : une fois à côté d'Aleksander, les cinq mages illégaux se téléportèrent, en criant qu'ils se rendaient à Era, le siège du Conseil Magique. Les mages légaux se rendirent alors compte que les gardes royaux avaient délaissés la protection du siège du Conseil en venant à Crocus, et que Legion pouvait alors s'attaquer au conseil même : l'attaque sur la capitale était une diversion ! Mikio, Saphira, Timothy, Elyana, Ame et Coloro se rendirent donc à toute vitesse vers Era, en espérant arriver à temps pour arrêter Legion !

Les six mages arrivèrent alors sur place, mais une jeune recrue de Legion, qui était précédemment à Grimoire Heart, Nookie Misana, usa de sa magie pour séparer tous les mages. Mikio s'arrêta pour combattre alors la jeune Nookie, et réussit à vaincre la mage illégale. Timothy, de son côté, tomba face à Drak, Ichigo combattit Elyana, Ame s'occupa de Kira et Saphira de Kyle. Coloro, pendant ce temps, trouvât Aleksander dans une pièce vide : le combat entre les deux chefs s'engagea, et Coloro, en utilisant toute son énergie, mit à terre le chef de Legion. Pourtant, voici ce que Legion recherchait dans Era : une clef, et le seul moyen d'y accéder serait de libérer une forte quantité d'énergie. Tous les combats dans Era délivrèrent alors une quantité suffisante d'énergie pour libérer la clef, et avant de s'évanouir, Aleksander s'en empara alors. Leur mission terminée, Seisui Nova se contenta de faire téléporter tous les mages de Legion hors d'Era, ce qui interrompit alors tous les combats.

Les mages restant demandèrent alors au Conseil qu'est-ce que Legion recherchait, et ils répondirent que la clef ferait parti d'un trio de clef qui permettrait de libérer un monstre qui autrefois avait amené la désolation sur les terres du Royaume. Le Conseil gardait précieusement la première clef, mais depuis des siècles, les deux autres étaient introuvables, cachées quelque part, dans le Royaume. Le but de Legion serait donc de libérer ce monstre des entrailles de la terre ? Chacun frémit en imaginant les conséquences. Le Conseil demanda alors aux guildes légales de tout faire pour arrêter les agissements de Legion.

A Crocus, pendant tous ces évènements, Luxus Dreher, petit-fils de Makarov, observait les combats, et remarqua quelques mages. De même, Black Jack alla réveiller Makarov : le vieillard reconnu alors en Jack un ancien membre de Fairy Tail, et répondant à la violence du criminel, il arrêta le squelette, qui fut alors emmené dans la plus grande prison du royaume. Un jour nouveau se levait alors sur Fiore. Une guilde noire avait disparue, remplacée par une autre. La réelle intention de Legion fut cachée aux habitants, qui ne surent rien des clefs. Seuls les mages, derniers espoirs du Conseil, étaient au courant, prêt à arrêter les agissements de la guilde noire.